La CNMSS s´associe dans le cadre de la prévention aux actions nationales (vaccinations, dépistages des cancers, prévention bucco-dentaire ...) et régionales liées à un événement ou un risque particulier (méningite, ...) 

Elle conduit aussi des actions qui lui sont propres, de façon autonome ou en partenariat avec d´autres acteurs de la protection sociale de la Défense. Ces actions spécifiques sont particulièrement adaptées aux missions des ressortissants militaires (traitement antipaludéen ...), certaines d'entre elles étant également proposées aux familles de militaires affectés outre-mer ou à l´étranger.