La CNMSS s´associe dans le cadre de la prévention aux actions nationales (vaccinations, dépistages des cancers, prévention bucco-dentaire ...) et spécifiques (liées à un événement ou un risque particulier).

Elle conduit donc des actions qui lui sont propres, de façon autonome ou en partenariat avec d´autres acteurs de la protection sociale de la Défense. Ces actions spécifiques sont particulièrement adaptées aux ressortissants militaires et à leur famille (plan famille, prise en charge de certaines vaccinations...).