Dans l'exercice de ses fonctions, le Directeur est assisté de deux Directeurs Adjoints et d'un chef de cabinet.

Cinq missions et une délégation

directement rattachées au Directeur, elles viennent compléter l'équipe de la direction générale. Il s'agit de la délégation à la prospective, à la performance et au pilotage, des chargés de mission, de la fonction qualité de vie au travail (QVT), de la fonction de responsable de la sécurité des systèmes d’information (RSSI), de la fonction de conciliation et de la fonction CNIL.

8 départements 

Identification-Prestations, Gestion du risque, Services Médicaux, Agence Comptable, Secrétariat Général, Infrastructure et moyens généraux, systèmes d’Information gèrent le domaine de l’assurance maladie maternité.

Le département Soins et suivi du blessé et du pensionné a pour mission d'assurer la gestion des missions déléguées à la CNMSS, soit :

•    Le remboursement des frais de soins dispensés en milieu civil au profit des militaires, victimes d’un accident ou d’une affection présumée imputable au service (APIAS) ;
•    La gestion des dossiers de soins relevant des articles L.212-1 et L.213-1 (ex articles L.115 et L.128) du code des Pensions militaires d’invalidité et des victimes de guerre (CPMIVG) ;
•    La gestion des demandes de secours et de prestations complémentaires déposées par les titulaires de pensions militaires d'invalidité auprès de la commission créée à cet effet.

Cinq antennes

La CNMSS est également présente en régions dans cinq Antennes médico-administratives.

• Le schéma général d’organisation de la CNMSS